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r语言读书笔记(R语言入门教程)

2025-05-13人已围观

r语言读书笔记(R语言入门教程)
  导语 :在本系列前面的介绍中,小编给大家介绍过用于操作数据框的R包dplyr(R语言学习笔记(二)),本期给大家介绍一个用于画热图的包pheatmap。

  R语言入门教程

  01生成热图文件

  在生物学领域,热图最常用的功能就是展示不同基因差异表达的情况,首先我们用上一期介绍的一些R基本函数模拟一个基因表达矩阵(R语言学习笔记(三))。

  这样就生成了一个20个基因在10个样品中的表达矩阵,并且通过手动操作,使右下角的数据明显比左上角大,形成一个大致的分层,后续我们就用这个文件画热图。

  02heatmap

  R中有一个基本的heatmap()函数,可用来绘制热图,我们不妨尝试一下:

  不出意料的难看,通常R中自带的函数功能都相对简单,也很少带有美化效果。所以学好基本函数的前提下,成为一个“调包侠”应该是R语言进阶的第一步。下面看一下pheatmap包的效果吧。

  03pheatmap

  我们先不调试参数,直接用pheatmap画一个最简单的热图:

  没有对比就没有伤害,这个热图相比上面那张图颜值提升了好几个档次,并且能很清楚的看到右上角和左下角分成了两种不同的颜色,跟我们预设的数据是一致的。

  下面说一下pheatmap中用的比较多的参数。

  (1)scale

  scale参数设置是否归一化处理,默认不进行归一化。设置scale="row"是对行进行归一化,设置scale="column"是对列进行归一化。

  (2)cluster_row/ cluster_col

  这两个参数设置是否按行/列进行聚类,比如我们不需要聚类:

  (3)fontsize_row/ fontsize_col/angel_col

  前两个参数设置文字大小,后面一个参数设置纵向文字角度。

  (4)添加注释

  04导出作图文件并作图

  上面的热图基本已经达到文章发表的水平了,但有时候图片需要与其他的图片放在一起组图,小编自己的经验是将图片导出成PDF,方法是右下角文件栏【Export】→【Save as PDF】,调整合适的高度和宽度,最后导出PDF文件。

  导出的PDF文件可以在AI或者PDF编辑器中进行编辑,修改字体类型和大小等等。

  上面就是小居数码小编今天给大家介绍的关于(R语言入门教程)的全部内容,希望可以帮助到你,想了解更多关于数码知识的问题,欢迎关注我们,并收藏,转发,分享。

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